На первом этапе (2008-2012 годы) - исключение негативного влияния опорной транспортной сети на развитие экономики, повышение качества и снижение издержек транспортных услуг для населения и бизнеса.
На втором этапе (2012-2020 годы) - завершение формирования опорной транспортной сети, интегрированной в транспортную систему России, наращивание экспорта транспортных услуг, формирование и распространение новых транспортных (перевозочных) и транспортно-логистических технологий, обеспечивающих повышение качества и доступности транспортных услуг.
На третьем этапе (после 2020 года) - обеспечение высокой территориальной мобильности населения и развитие транспортной инфраструктуры, обеспечивающей максимальное сокращение транспортных издержек бизнеса.
Железнодорожный транспорт:
Повышение пропускной способности железнодорожной линии Москва - Ярославль - Вологда - Коноша - Архангельск.
Строительство вторых путей на направлении Нерехта - Ярославль - Рыбинск - Сонково для увеличения пропускной способности.
Строительство обхода Ярославского узла (обходной путь
Молот - Козьмодемьянск).
Строительство железнодорожного моста через р. Которосль.
Автомобильный транспорт:
1. Строительство, реконструкция и капитальный ремонт федеральной автодороги "Холмогоры" в границах области вместе с искусственными сооружениями, со строительством обхода г. Ростова с путепроводами, а также подъездом к г. Костроме (федеральная трасса М-8).
2. Строительство участков автодорог:
- участок автодороги Углич - Кашин от дер. Заречье до границы области с реконструкцией автодороги для соединения Ярославской и Тверской областей;
- участок автодороги Большое Село - Борисоглебский от дер. Буйкино до дер. Починки для соединения Большесельского и Борисоглебского районов.
3. Реконструкция автодорог с повышением технической категории:
- Ярославль - Углич (Ярославский, Тутаевский, Большесельский, Угличский муниципальный районы);
- Ярославль - Рыбинск;
- Углич - Ростов со строительством обходов г. Углича и раб. пос. Борисоглебский (Угличский, Борисоглебский и Ростовский муниципальные районы);
- Сергиев-Посад - Калязин - Рыбинск - Череповец (Угличский, Мышкинский, Рыбинский, Пошехонский муниципальные районы);
- Ростов - Иваново - Нижний Новгород (Ростовский муниципальный район).
4. Строительство наплавного автомобильного моста через р. Волгу в г. Мышкине.
5. Приведение в нормативное транспортно-эксплуатационное состояние опорной сети автодорог общего пользования, обеспечивающих непрерывность транспортных связей, а именно:
Ярославль - Рыбинск (Ярославский, Тутаевский, Рыбинский муниципальные районы);
Пошехонье - Кукобой - Бакланка (Пошехонский, Первомайский муниципальные районы с выходом в Вологодскую область);
Буй - Любим - Пречистое (Любимский, Первомайский муниципальные районы с выходом в Вологодскую область);
Ярославль - Любим (Ярославский, Некрасовский, Даниловский, Любимский муниципальные районы);
Данилов - Середа (Даниловский муниципальный район);
Ярославль - Тутаев и Рыбинск - Тутаев (левый берег) (Ярославский, Тутаевский, Рыбинский муниципальные районы);