Проблемы, связанные с интеграцией Польши и стран Балтии в НАТО и ЕС и анклавизацией Калининградской области, сформировали более чем на десятилетие "повестку дня" для ЕС и России по отношению к анклаву/эксклаву, а также определили для самой области направление развития. Однако за прошедшие пятнадцать лет, подразумевающие в том числе итоги завершившегося процесса расширения НАТО и ЕС на Восток, все проблемы, положенные в обоснование "особого" характера государственной политики в отношении Калининградской области, если и не преодолены, то перестали выглядеть катастрофическими.
Поглощение Калининградской области ЕС не произошло, включая и экономическое. ЕС уделял мало внимания и не ориентировался на создание правовой базы для глубокого сотрудничества с Калининградской областью. Это было связано с особенностями внутреннего устройства ЕС как надгосударственного механизма, предполагающего включение в свой состав новых государств, но не регионов. На практике оказалось, что область не может быть полноценным контрагентом ЕС в переговорах по его включению в "балтийскую" интеграцию на уровне Евросоюза.
С другой стороны, силовое отторжение территории области от России не представляется реальным. В силу этого статус Калининградской области с точки зрения безопасности страны за прошедшие 15 лет сильно изменился - она больше не рассматривается в качестве точки военного противостояния. Область не утратила транспортную связанность с Россией. С 1 января 2005 года железнодорожные билеты в основную часть территории России продаются жителям области только при предъявлении загранпаспорта, но эта мера не привела к серьезному сокращению числа поездок. Большая часть проблем в транспортном сообщении Калининградской области и основной части Российской Федерации была снята правовыми и организационными действиями. Были расширены технические возможности консульств Литвы и Польши в Калининграде; калининградцам в ускоренном порядке выдали заграничные паспорта; в области были развернуты консульства целого ряда государств. Консульства Литовской Республики имеются в двух городах: Калининграде и Советске. Активно работает консульство Польши. Функционируют два представительства Беларуси. В 2006 году начало работу в полном объеме консульство Швеции, консульство Германии после нескольких лет работы во временном помещении планирует начать выдачу виз в ближайшем будущем. При этом не решены вопросы постоянного размещения консульства Латвии. В Калининграде работают почетные консулы Дании, Греции, Хорватии и Италии.
Становящаяся более эффективной (несмотря на имеющиеся и сегодня сложности) организация пограничных переходов и таможенных служб существенным образом сократила потери времени на пересечение границы. Было расширено авиасообщение Калининграда с Москвой и Санкт-Петербургом, введены льготные тарифы на данном направлении, развернуто паромное сообщение с Санкт-Петербургом. В марте 2006 года Правительство Российской Федерации уже приступило к рассмотрению проекта соглашения с ЕС об упрощении получения виз отдельными категориями граждан.
Ситуация в энергетике Калининградского эксклава остается сложной, однако кризиса удалось избежать, и в настоящий момент перспективы Калининградской области представляются вполне оптимистичными. РАО "ЕЭС России" смогло завершить строительство первого энергоблока Калининградской ТЭЦ-2 мощностью 450 МВт. В 2011-2015 годах на территории области может начаться строительство Северо-Западной АЭС, введение которой сделает область нетто-экспортером электроэнергии. Есть техническая возможность строительства ответвления в Калининград Северо-Европейского газопровода. В целом, эти меры - как по отдельности, так и тем более вместе - должны снизить зависимость области от транзитных поставок энергоресурсов.
Ослабления экономических связей между Российской Федерации и Калининградской областью не произошло - напротив, наблюдается тесная интеграция экономики области через механизм инвестиций и рынка капитала. Хотя превращение Калининградской области в эксклав и было сопряжено для нее со значительными экономическими и социальными потерями (экономический спад 1990-1998 годов в регионе был в полтора раза более глубокий, чем в среднем по России), в настоящий момент это не несет в себе угрозы для Калининградской области. Помимо выгод и привилегий, даваемых области статусом особой экономической зоны, Россия смогла задействовать ряд инструментов, стимулирующих социально-экономическое развитие региона: тарифная поддержка прохождения транспортных и товарных потоков через Калининград; сохранение льготных тарифов на газ (пока стоимость транзита газа через Белоруссию и Литву не включена в тариф, установленный для Калининградской области); поддержка отдельных проектов и программ развития региона из федерального бюджета (в виде финансирования социальных проектов и жилищно-коммунального хозяйства, развития магистральных инженерных сетей, модернизации транспортных систем и прочего).
В результате принятых на федеральном и региональном уровне мер валовая продукция, промышленное производство, инвестиции в основной капитал за последние четыре года росли в области темпами, существенно превышавшими среднероссийские.