1) Секретариат возглавляет руководитель секретариата, назначаемый на должность и освобождаемый от должности главой администрации (губернатором) области.
2) В отсутствие руководителя секретариата (командировки, отпуск, болезнь) его обязанности исполняет заместитель руководителя секретариата.
3) Руководитель секретариата:
- подчиняется непосредственно вице-губернатору области - руководителю администрации Особой экономической зоны;
- руководит деятельностью секретариата, обеспечивая решение возложенных на секретариат задач;
- определяет должностные обязанности сотрудников секретариата;
-представляет вице-губернатору области - руководителю администрации Особой экономической зоны кандидатуры для назначения на должность и вносит предложения об освобождении от должности сотрудников секретариата;
- вносит вице-губернатору области - руководителю администрации Особой экономической зоны предложения по улучшению деятельности секретариата, о поощрении сотрудников секретариата или применении к ним мер дисциплинарного взыскания;
- подписывает служебную документацию в пределах своей компетенции;
- по распоряжению вице-губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны направляет в комитет по информации, печати и связям с общественностью 'администрации области необходимую информацию для размещения в средствах массовой информации;
- обеспечивает выполнение Закона Калининградской области "О порядке предоставления информации органами государственной власти Калининградской области".