Главное управление в своей деятельности непосредственно подчиняется заместителю главы администрации области по региональному развитию.
6.1. Главное управление возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности главой администрации области.
6.2. Начальник главного управления несет персональную ответственность за выполнение возложенных на главное управление задач и осуществление им своих функций, устанавливает степень ответственности своих заместителей и руководителей структурных подразделений в соответствии с действующим трудовым законодательством, законом Воронежской области "О государственной службе".
6.3. Начальник главного управления:
- взаимодействует по доверенности администрации области с федеральными органами государственной власти, органами местного самоуправления, предприятиями и организациями;
- руководит деятельностью главного управления;
- действует от имени главного управления, представляет его интересы, заключает договоры (контракты), выдает доверенности, открывает в банках расчетные и иные счета, пользуется правом распоряжаться финансовыми средствами и имуществом главного управления;
- по согласованию с первым заместителем главы администрации области назначает на должность и освобождает от должности заместителей начальника главного управления;
- назначает на должность и освобождает от должности руководителей структурных подразделений, работников главного управления;
- распределяет обязанности между заместителями начальника главного управления;
- вводит в действие штатное расписание, утвержденное постановлением администрации области;
- утверждает положения о его структурных подразделениях, должностные обязанности работников;
- издает в пределах компетенции главного управления приказы, инструкции, методические материалы.
6.4. В период отсутствия начальника главного управления его обязанности исполняет начальник управления мониторинга и сопровождения программ и проектов главного управления.
6.5. Реорганизация и прекращение деятельности главного управления программ и проектов регионального развития осуществляется в установленном законом порядке.