Текущее управление и контроль за ходом реализации Программы осуществляет Комитет по охране окружающей природной среды Департамента промышленной и сельскохозяйственной политики Чукотского автономного округа.
Контроль за ходом реализации Программы осуществляется в соответствии с постановлением Правительства Чукотского автономного округа от 19.09.2005 N 185 "Об утверждении Порядка разработки и реализации региональных целевых программ в Чукотском автономном округе" Департаментом финансов, экономики и имущественных отношений Чукотского автономного округа, Департаментом промышленной и сельскохозяйственной политики Чукотского автономного округа.