Контроль за реализацией Программы осуществляет заместитель Губернатора Томской области по промышленности и ТЭК.
Текущий контроль и мониторинг реализации программных мероприятий осуществляет Департамент транспорта, дорожной деятельности и связи Томской области. Ежегодные и ежеквартальные отчеты о выполнении мероприятий и показателей Программы формируются и представляются Областным государственным казенным учреждением «Управление автомобильных дорог Томской области» в органы государственной власти в порядке, установленном действующим законодательством.
Муниципальные образования Томской области, получающие субсидии из областного бюджета на софинансирование строительства и реконструкции автомобильных дорог общего пользования местного значения, включенных в Программу, представляют в ОГКУ «Управление автомобильных дорог Томской области» отчет о реализации мероприятия до 7-го числа месяца следующим за отчетным кварталом, годовой отчет предоставляют до 20-го января года, следующего за отчетным.
В рамках календарного года целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, а также механизм реализации Программы уточняется в установленном законодательством порядке с учетом выделяемых финансовых средств. На основе оценки показателей и целевых индикаторов определяются промежуточные результаты реализации Программы. Оценка выполнения Программы осуществляется ежегодно в соответствии с методикой и критериями оценки эффективности, установленными постановлением Администрации Томской области от 22.06.2012 № 237а «О долгосрочных целевых программах Томской области».