Общий контроль исполнения Программы осуществляет администрация Города Томска, в лице комитета жилищной политики.
Администрации районов Города Томска ежеквартально формируют отчет о ходе реализации Программы и направляют в Комитет жилищной политики.
Комитет жилищной политики администрации Города Томска ежеквартально формирует отчет о реализации Программы на основе отчетов администраций районов Города Томска. Отчет формируется по формам, установленным Порядком разработки городских долгосрочных целевых программ на территории муниципального образования «Город Томск», утвержденным постановлением администрации Города Томска от 01.07.2009 № 562, и в установленные сроки направляется в департамент экономического развития и управления муниципальной собственностью администрации Города Томска.
При реализации Программы на 2013 год администрацией Города Томска вносятся предложения об изменении перечня многоквартирных домов, подлежащих капитальному ремонту в 2013 году, суммы финансирования в пределах средств, предусмотренных в бюджете муниципального образования «Город Томск» на соответствующий финансовый год и плановый период, и сроков реализации.
Реализация Программы освещается в средствах массовой информации.