Основные угрозы биоразнообразию страны в целом определены в Пятом Национальном докладе "Сохранение биоразнообразия в Российской Федерации", подготовленном во исполнение решения X/10 10 Конференции Сторон Конвенции о биологическом разнообразии в 2015 году.
Из них основными угрозами биоразнообразию Сахалинской области являются:
1. Разрушение и фрагментация местообитаний животных и растений.
2. Химическое загрязнение окружающей среды.
3. Угрозы лесному биоразнообразию, связанные с лесными пожарами.
4. Угрозы, связанные с высоким уровнем браконьерства и переэксплуатацией биологических ресурсов.