Браконьерство является серьезной угрозой для развития рыбного хозяйства Сахалинской области. Незаконный промысел тихоокеанских лососей на Сахалине оценивается более чем в половину учтенного официального, что приводит к недооценке реальных объемов изъятия и может привести к подрыву популяций лососей.
Масштабное браконьерство привело к резкому сокращению численности благородного оленя (изюбра) и дикого северного оленя. Несмотря на введенный запрет охоты на этих копытных, их численность продолжает снижаться и в ближайшее время они могут исчезнуть из состава фауны Сахалина.
Завышенные, ежегодно увеличивающиеся объемы вылова водных биоресурсов привели к переэксплуатации и, как следствие, к резкому сокращению уловов. Объем вылова водных биоресурсов в 2015 году значительно сократился по сравнению с объемом вылова предыдущего нечетного 2013 года с 836,14 тыс. тонн до 596 тыс. тонн соответственно, что составило 71,3% уровня предыдущего нечетного года. По данным СахНИРО объем вылова горбуши в 2015 году составил 52 тыс. тонны, или 27,5% от объема вылова предыдущего нечетного 2013 года (189 тыс. тонн). Выведение в 2009 - 2014 годах наваги из списка видов водных биоресурсов, для которых устанавливается общий допустимый улов, привел к значительному перелову наваги рыболовными предприятиями и катастрофическому снижению численности вида.
Помимо основных угроз необходимо учитывать риски для аборигенного биоразнообразия, связанные с инвазиями чужеродных видов растений и животных, в том числе вызывающих экономический ущерб и экологические последствия (деградация природных сообществ, вытеснение аборигенных видов). Эта угроза относится к числу глобальных угроз. Для островных экосистем Сахалинской области наибольшую опасность представляют водные инвазивные виды, которые могут содержаться в балластных водах прибывающих нефтяных танкеров и газовозов. Эффективной мерой предупреждения инвазий чужеродных видов является строгий контроль балластных вод и мониторинг водных экосистем.
Еще одной глобальной угрозой биоразнообразию является изменение климата. Так как остановить изменение климата невозможно, целесообразным является подход, предусматривающий реализацию мер по смягчению климатических изменений и адаптации к последствиям изменения климата. Чтобы определить такие меры на данном этапе необходимо оценить масштаб и качество климатических изменений.