Важнейшей составляющей социально-экономического развития Республики Марий Эл является создание условий для реализации интеллектуального потенциала путем развития научно-исследовательской и инновационной деятельности в сфере высшего образования. Образовательные организации высшего образования определяют кадровый потенциал инновационного развития Республики Марий Эл и способствуют продвижению инновационных идей и доведению их до конкретных производителей. Наиболее значимые научные исследования и разработки осуществляются МарГУ и ПГТУ.
В МарГУ ведется подготовка специалистов по более чем 10 направлениям. За все время подготовлено свыше 500 специалистов в области проектирования и разработки специального программного обеспечения автоматизированных систем, которые осуществляют деятельность на предприятиях акционерного общества "Концерн предприятий воздушно-космической обороны "Алмаз - Антей" и акционерного общества "Российская электроника".
МарГУ сегодня является признанным центром образования, науки и культуры. Университет включает в себя 9 факультетов, 5 институтов, около 9 тыс. студентов, высокопрофессиональный коллектив, насчитывающий 570 преподавателей, в том числе около 100 докторов наук и профессоров, 400 кандидатов наук и доцентов. Положительной тенденцией развития МарГУ является омоложение профессорско-преподавательского состава за счет увеличения доли научно-педагогических работников МарГУ в возрасте от 30 - 39 лет. В МарГУ аккредитовано 188 программ высшего образования, из которых 68 программ по магистратуре и 5 программ среднего профессионального образования.
МарГУ имеет высокий ресурсный потенциал по направлениям деятельности и демонстрирует возможности дальнейшего стабильного развития. Успешному решению поставленных задач способствуют благоприятные внешние и внутренние предпосылки для развития МарГУ. Сегодня в МарГУ научно-исследовательская работа ведется по 18 основным направлениям технического, физико-математического, биолого-химического, сельскохозяйственного и гуманитарного профилей. За последние годы университет успешно реализовывал научные проекты в рамках федеральных целевых программ, касающихся научных и научно-педагогических кадров, развития оборонно-промышленного комплекса, государственного задания Министерства науки и высшего образования Российской Федерации на выполнение работ (оказание услуг), грантов Президента Российской Федерации, Российского фонда фундаментальных исследований, Российского гуманитарного научного фонда. Ряд научных проектов был выполнен по приоритетным направлениям отраслей народного хозяйства Республики Марий Эл в рамках республиканских целевых программ, касающихся этнокультурного развития, комплексного развития профессионального образования, развития инновационной деятельности и других программ. За 2012 - 2016 годы учеными МарГУ было выполнено 197 научно-исследовательских работ фундаментального и прикладного направлений.
В 2016 году МарГУ стал победителем конкурса по отбору организаций на право получения субсидий на реализацию комплексных проектов по созданию высокотехнологичного производства (7 очередь) в рамках постановления Правительства Российской Федерации от 9 апреля 2010 г. N 218 "О мерах государственной поддержки развития кооперации российских высших учебных заведений и организаций, реализующих комплексные проекты по созданию высокотехнологичного производства", представив проект "Разработка технологии импортозамещающего производства системы проводной высокочастотной связи для линий передачи электрической энергии напряжением до 1150 кВ".
Исследовательская проблематика ежегодно расширяется за счет перспективных направлений науки и технологий. Налаживаются деловые связи с крупнейшими отечественными и зарубежными учебно-научными центрами. Студенты являются победителями и призерами крупнейших международных, всероссийских и региональных олимпиад и конкурсов.
Научно-инновационное развитие МарГУ подкрепляется обширной материально-технической базой научных и научно-исследовательских лабораторий, научно-образовательных и научно-учебных центров, полигонов и учебно-опытных баз. МарГУ располагает комплексом современного, в том числе уникального, оборудования, а также имеет средства, приборы, материалы и инструктивно-методическую документацию.
В последние годы стратегическими партнерами МарГУ стали 5 предприятий оборонно-промышленного комплекса, 9 крупных промышленных предприятий и организаций, 3 зарубежные компании (США, Австралия) и 7 научных и образовательных организаций.
По результатам конкурсного отбора образовательных организаций высшего образования на финансовое обеспечение программ развития федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет федерального бюджета в 2017 - 2019 годах МарГУ был признан победителем и ему был присвоен статус опорного университета, имеющего ключевое значение для промышленного и социально-экономического развития Республики Марий Эл. В соответствии с программой развития МарГУ стратегическими проектами университета до 2021 года являются:
а) "МарГУ как центр развития научных технологий высокопроизводительных вычислений и обработки больших данных". Целью данного проекта является развитие системы производства научных технологий на базе опорного университета в области высокопроизводительных вычислений и обработки больших данных.
Внешними участниками проекта выступают акционерное общество "Радиотехнический институт им. академика А.Л.Минца" и акционерное общество "Завод полупроводниковых приборов". В ходе реализации данного проекта к 2021 году МарГУ эволюционирует до уровня университета, являющегося органической частью мирового научно-образовательного пространства, привлекательного для российских и зарубежных абитуриентов и высококвалифицированных научных сотрудников, преподавателей и управленцев. МарГУ станет центром притяжения для получения образования, прохождения стажировок и выстраивания карьеры;
б) "МарГУ как центр развития и экспорта образования в области медицины и фармации". Целью данного проекта является подготовка высококвалифицированных конкурентоспособных практико-ориентированных медицинских и фармацевтических кадров для Республики Марий Эл и реализации стратегии университета по экспорту образовательных услуг. Внешними участниками проекта выступают государственное бюджетное учреждение Республики Марий Эл "Республиканский клинический госпиталь ветеранов войн" и Ассоциация фармацевтических предприятий Республики Марий Эл. Модель экспорта образования позволит системе образования университета стать прибыльной отраслью экономики, важным показателем социального и культурного развития Республики Марий Эл в условиях интернационализации российского образования, обеспечивающей повышение его уровня и качества. Формирование отношений добрососедства с другими государствами создаст условия для формирования в Республике Марий Эл экспортного потенциала российского образования на среднесрочную и долгосрочную перспективы;
в) "МарГУ как центр развития агропромышленного комплекса Республики Марий Эл". Целью данного проекта является развитие системы подготовки кадров для агропромышленного комплекса Республики Марий Эл в соответствии с потребностями рынка труда и перспективной задачей обеспечения продовольственной безопасности страны. Внешним участником проекта выступает общество с ограниченной ответственностью "Птицефабрика "Акашевская";
г) система сервисов развития инфраструктуры местных сообществ под единым брендом "Сделано в МарГУ". Целью проекта является создание к 2021 году 4 бесплатных сервисов, направленных на развитие компетенций, навыков и умений участников местных сообществ за счет использования имеющихся учебно-методических и научных разработок в юриспруденции, экономике, педагогике и психологии.