Магаданский морской торговый порт включен в перечень объектов, запланированных для реконструкции и развития в "Транспортной стратегии Российской Федерации на период до 2030 года". Предусматриваются реконструкция и развитие береговой инфраструктуры порта.
В рамках Федеральной целевой программы "Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года" [38] на реконструкцию объектов федеральной собственности (гидротехнических сооружений) в Магаданском морском порту выделено 1057 млн руб., начиная с 2011 года. Администрацией области ведется работа по переносу начала финансирования мероприятий по реконструкции гидротехнических сооружений причалов с 2011 г. на 2010 г. и по выделению средств, начиная с 2010 г., что позволит подготовить в намеченные сроки проектно-сметную документацию.
В настоящее время порт существенно недозагружен. При установленной суммарной мощности причалов порта около 3 млн т в год, грузопереработка в 2006 г. составила всего 1,1 млн т в год. При этом магаданский порт имеет полный износ парка подъемно-транспортных машин, применяемых на погрузо-разгрузочных работах, что негативно влияет на весь технологический процесс переработки груза. Главная проблема Магаданского морского порта - недостаточный грузооборот. Движение грузов носит односторонний характер - для нужд региона. Вывоз грузов из порта незначительный (в основном металлолом) и составляет менее 10% общего объема грузопереработки.
Развитие минерально-сырьевой базы Магаданской области позволит решить главные проблемы магаданского порта - недостаточный для его мощностей грузооборот и односторонний характер движения грузов. Качественной основой для долгосрочного развития Магаданского морского порта станет строительство железной дороги "Якутск - Мома - Магадан", которая позволит создать новые более экономичные транспортные схемы грузопотока, как в Республику Саха (Якутия), так и в центральные районы страны. Таким образом, станет возможным частично разгрузить ныне действующие порты г. Находки и г. Владивостока, увеличив грузооборот Магаданского морского порта.
Для повышения эффективности работы причалов в магаданском порту, увеличения переработки грузов, а также приведения причалов в надлежащее техническое состояние необходимо произвести реконструкцию и модернизацию гидротехнических сооружений. Модернизация порта потребует приобретения современной погрузочно-разгрузочной техники, которая позволит в более сжатые сроки производить разгрузку судов, что в условиях ограниченных сроков навигации даст морским транспортным судам возможность осуществить большее количество рейсов. Необходимо также восстановление и развитие судоремонтной базы на территории Магаданской области.
В целях реализации инвестиционного проекта "Создание угольного кластера в Магаданской области на базе Омсукчанского угольного бассейна" запланировано строительство объектов портовой инфраструктуры в бухте Пестрая Дресва Охотского моря, в том числе строительство терминала по перевалке угля и гидротехнических сооружений, включая перегрузочные причалы и причалы для судов.
(абзац введен Постановлением Правительства Магаданской области от 02.04.2015 N 236-пп)
С целью обеспечения опережающего развития рыболовства и морского зверобойного промысла в Северо-Эвенском районе, необходима организация каботажного плаванья и приема рыболовных судов на побережье Охотского моря в Гижигинской губе. Для этого может быть предусмотрено устройство причального комплекса в пос. Эвенск.
Для обеспечения развития рыболовного промысла в Тауйской губе необходимо развитие Магаданского морского рыбного порта.