На начало 2008 г. в составе рыбохозяйственного комплекса Магаданской области находилось 54 предприятия с круглогодичным и сезонным циклом работы, в том числе 21 судовладелец, 41 судно промыслового флота, 33 предприятия прибрежного рыболовства, 15 из которых - предприятия береговой переработки добываемой продукции. Кроме того, в состав комплекса фактически входят:
- региональный НИИ рыбного хозяйства (ФГУП "Магадан НИРО") со своим небольшим флотом, который и ведет лов по квоте на научные исследования, и
- региональное Охотское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов (ФГУ "Охотскрыбвод"), в структуре которого находятся 4 государственных лососевых рыбоводных завода.
2008 год завершил период действия договоров (с 2004 по 2008 год) на закрепление долей квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов, на основании которых пользователям выделялись объемы квот в течение пяти лет. В связи с инициацией процедуры расторжения договоров о закреплении долей, из состава рыбохозяйственного комплекса исключено 3 предприятия, 4 предприятия находятся в стадии банкротства, 5 предприятий по разным причинам прекратили рыбохозяйственную деятельность. Количество предприятий на 2009 год определено конкурсным отбором на закрепление долей квот добычи (вылова), проводившимся в октябре 2008 года.
В результате к 2009 году число предприятий рыбохозяйственного комплекса по сравнению с 2007 годом сократилось с 54 до 42. Доли квот на вылов водных биоресурсов для осуществления рыболовства были закреплены:
- только в исключительной экономической зоне Российской Федерации - за 6-ю предприятиями;
- как в исключительной экономической зоне Российской Федерации, так и в прибрежном рыболовстве - за 19-ю предприятиями;
- только в прибрежном рыболовстве - за 5-ю предприятиями.
Помимо указанных выше, в состав рыбохозяйственного комплекса Магаданской области входят 12 предприятий, осуществляющих добычу тихоокеанских лососей на закрепленных за ними на конкурсной основе рыбопромысловых участках.
Кроме того, функционируют мелкие предприятия и цеха, занимающиеся только переработкой рыбы и специализирующиеся на выработке небольших партий соленой, копченой и вяленой продукции, для которых выпуск рыбопродукции является основным видом деятельности.
Организационно и технологически рыбохозяйственный комплекс состоит из двух слабо связанных между собой частей.
Первая - это предприятия-судовладельцы, ведущие промысел в открытом море на крупных и средних судах. Добытые ими биоресурсы проходят переработку прямо на судах (как минимум - фасовку и замораживание) либо на сопровождающих суда плавбазах - после чего товар может доставляться прямо к причалам покупателей, где бы они ни находились.
Таким образом, эти предприятия функционально никак не привязаны к берегу и его инфраструктуре. В основном именно такие предприятия ведут промысел в исключительной экономической зоне России, и доставляют продукцию прямо в зарубежные порты или в южные порты России на Тихоокеанском побережье.
Вторая - это действительно комплекс, включающий мало- и среднетоннажные рыболовные суда, не располагающие оборудованием и местом для первичной переработки биоресурсов, транспортные суда и рыбоперерабатывающие предприятия на побережье. Такие предприятия обычно ведут промысел в прибрежной зоне, но относят их к прибрежному рыболовству потому, что они связаны с побережьем технологически.