Рыбохозяйственная отрасль городского округа является комплексным сектором экономики, включающим в себя добычу водных биологических ресурсов, их воспроизводство, переработку, а также организацию торговли рыбной продукцией.
В органах государственной статистики по городу Южно-Сахалинску зарегистрировано более 300 предприятий, определивших свой основной вид деятельности как добычу и переработку рыбы и морепродуктов.
Вместе с тем реальную основу рыбопромышленного комплекса составляют 74 рыбодобывающих предприятия, 20 предприятий берегового рыбоперерабатывающего комплекса и 2 рыбоводных завода. Из действующих рыбодобывающих предприятий квотами на добычу водных биологических ресурсов наделено 41 предприятие, остальные работают на покупных квотах или осуществляют промысел по договорам о разделе продукции.
Основу рыбодобывающего сектора отрасли составляют 13 крупных предприятий, на долю которых приходится более 80% вылова рыбы и морепродуктов (ЗАО "Остров Сахалин", "Экарма-Сахалин", "КУК", "Антей", "Волна", "Пиленга", ОАО "Южно-Сахалинский рыбозавод", ООО "Компания БИНОМ", ПО "Сахалинрыбаксоюз", "Промфлот", "Миккор ЛТД" и другие).
Добывающий флот рыбопромышленного комплекса состоит из 75-ти промысловых, транспортных и вспомогательных судов. При этом свыше 60% рыбопромысловых судов имеют истекшие нормативные сроки эксплуатации.
За последние несколько лет наметилась устойчивая тенденция к приобретению рыбодобывающими предприятиями подержанных судов зарубежной постройки в связи с их низкой стоимостью по сравнению с новыми, в том числе российскими судами.
Из всех видов водных биологических ресурсов, разрешенных к вылову, основным объектом промысла для предприятий рыбопромышленного комплекса городского округа является минтай, добыча которого составляет до 80% от общего ежегодного объема вылова.
В то же время запасы многих видов водных биологических ресурсов не осваиваются в полном объеме (сельдь, сайра, кальмар и др.).
Основу берегового рыбоперерабатывающего комплекса составляют 20 предприятий. Из них 5 осуществляют производство рыбных консервов, преимущественно из рыбы лососевых пород. Кроме консервных заводов, глубокую переработку сырья осуществляет предприятие "ООО РПК "Восточный берег". Подавляющее большинство предприятий производит блочную мороженую продукцию из рыб лососевых пород. При этом имеющееся на предприятиях технологическое оборудование позволяет перерабатывать до 23 видов рыбы и морепродуктов, выпускать более 100 наименований продукции из них, при этом физический износ основных производственных фондов предприятий составляет в среднем более 50%.
Годовая потребность предприятий рыбоперерабатывающего комплекса в сырье (лосось) составляет до 90 тыс. тонн. Объем суточной переработки рыбы до 1000 тонн.
В подавляющем большинстве произведенная рыбная продукция реализуется за пределы Сахалинской области. По причине отсутствия других видов сырья, практически все рыбоперерабатывающие предприятия имеют сезонный цикл работы (период лососевой путины).
Рыбопромышленный комплекс обеспечивает работой более 4000 человек. В период лососевой путины способен организовать до 2000 дополнительных рабочих мест.