Транспортная отрасль городского округа представлена двумя видами транспорта - автомобильным и железнодорожным. Транспортная сеть обеспечивает территориальную связь городского округа с другими регионами и создает благоприятные условия для перемещения грузовых и пассажирских потоков.
В городском округе функционирует железнодорожная станция Биробиджан, которая расположена на Транссибирской железнодорожной магистрали. Станция Биробиджан обслуживает пассажирские и грузовые перевозки в железнодорожном сообщении, а также осуществляет местное обслуживание предприятий и складов, имеющих подъездные железнодорожные пути.
Внутригородские перевозки осуществляются автомобильным транспортом. На конец 2014 года парк автотранспортных средств городского округа насчитывал 1312 автомобилей, принадлежащих организациям, в том числе грузовых - 352 автомобиля.
Грузовыми автомобилями организаций всех видов деятельности, занимающихся коммерческими грузовыми перевозками, без учета предпринимателей (физических лиц) перевезено в 2014 году 496,1 тыс. тонн грузов, что на 58,7 процента выше аналогичного показателя 2013 года и на 70,9 процента больше, чем в 2012 году.