Территориальная охрана природы регламентируется Федеральным законом от 10 января 2002 года N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды", Федеральным законом от 14 марта 1995 года N 33-ФЗ "Об особо охраняемых природных территориях", ЗК РФ, Градостроительным кодексом Российской Федерации, Законом автономного округа от 09 ноября 2004 года N 69-ЗАО "Об особо охраняемых природных территориях Ямало-Ненецкого автономного округа", а также положениями об отдельных категориях ООПТ и другими подзаконными актами.
По состоянию на 01 января 2014 года на территории автономного округа функционируют 14 особо охраняемых природных территорий из них 8 государственных заказников регионального значения, 2 государственных биосферных заповедника, 3 государственных биологических заказника федерального значения, 1 памятник природы регионального значения. Площадь земель, на которых расположены леса на территории земель ООПТ федерального значения, составляет 631,3 тыс. га.
Общая площадь особо охраняемых природных территорий Ямала - 7896,5 тыс. га, что составляет 10,27% от площади округа, из них:
- площадь особо охраняемых природных территорий регионального значения составляет 5475,04 тыс. га (7,12% от площади автономного округа);
- площадь особо охраняемых природных территорий федерального значения составляет 2421,48 тыс. га (3,15% от площади автономного округа).
Площадь земель, на которых расположены леса в ООПТ, составляет 631,3 тыс. га.
Данные показатели площади охраняемых территорий являются выше средних показателей среди субъектов Российской Федерации.
В 2012 году в Приуральском районе автономного округа образован государственный природный заказник регионального значения "Полуйский". Основными задачами заказника являются сохранение, восстановление и воспроизводство объектов животного мира, в том числе водных биологических ресурсов, и поддержание экологического баланса, сохранение среды обитания и путей миграции объектов животного мира, проведение научных исследований, осуществление экологического мониторинга, экологическое просвещение и развитие познавательного туризма.
В соответствии с законодательством Российской Федерации к особо охраняемым территориям относятся земли, имеющие особое природоохранное, научное, историко-культурное, эстетическое, рекреационное, оздоровительное и иное ценное значение.
Сохранению уникальной природной среды Крайнего Севера в автономном округе уделяется особое внимание. У каждой особо охраняемой природной территории кроме общей цели - охрана животного и растительного мира, - есть своя задача. Так в государственном природном заказнике регионального значения "Куноватский" главным направлением деятельности определена охрана белого журавля или стерха. Для представителей коренных малочисленных народов Севера хантов и манси стерх - священная птица, персонаж мифов, легенд, ритуальных обрядов. Автономный округ - единственный субъект Российской Федерации, в котором для сохранения стерхов, создан фонд "Стерх". В настоящее время фонд "Стерх" является официальным исполнителем российской части программы по охране стерха в рамках Боннской конвенции "Об охране мигрирующих видов животных". Фонд "Стерх" сотрудничает с Глобальным экологическим фондом при ООН.
(в ред. постановления Губернатора ЯНАО от 27.11.2018 N 142-ПГ)
Площадь охраняемых природных территорий автономного округа как самостоятельная категория земель занимает 1509,5 тыс. га. В нее включены только государственные заповедники: Гыданский, находящийся в Тазовском районе, площадью 878,2 га и Верхне-Тазовский в Красноселькупском районе площадью 631,3 га. Верхне-Тазовский государственный заповедник выделен из состава земель лесного фонда Красноселькупского лесничества. Правовая основа организации заповедника и его характеристика приведены ниже по тексту.
Территории государственных природных заповедников полностью изымаются из хозяйственного использования. В соответствии с Федеральным законом от 14 марта 1995 N 33-ФЗ "Об особо охраняемых природных территориях" и Законом автономного округа от 09 ноября 2004 N 69-ЗАО "Об особо охраняемых природных территориях Ямало-Ненецкого автономного округа" заповедники являются природоохранными, научно-исследовательскими и эколого-просветительскими учреждениями, имеющими своей целью сохранение и изучение естественных экосистем.
Кроме ООПТ федерального и регионального значения на территории автономного округа в соответствии с международной Конвенцией о водно-болотных угодьях, имеющих международное значение, главным образом в качестве местообитаний водоплавающих птиц (Рамсар, 02.02.1971) и Постановлением Правительства Российской Федерации от 13 сентября 1994 года N 1050 выделены следующие водно-болотные угодья: