Реализация Подпрограммы с наибольшей вероятностью может быть подвергнута рискам, связанным с возникновением экстремальных природных ситуаций, прежде всего со вспышками массового размножения хозяйственно опасных вредных организмов. Такие ситуации потребуют применения мер экстренного реагирования, незапланированного увеличения объемов работ по локализации и ликвидации очагов вредных организмов и необходимости привлечения дополнительного финансирования для их осуществления. Для управления такими рисками может потребоваться принятие срочных управленческих решений, привлечение значительных сил и ресурсов преимущественно на региональном уровне при оказании финансовой поддержки со стороны федерального центра.
Кроме того, могут появиться риски, связанные с отказом арендаторов от выполнения работ по защите лесов, регулирование которых должно осуществляться на региональном и местном уровнях посредством совершенствования планирования работ по защите лесов, упорядочивания договорных отношений, связанных с выполнением работ.
Управление рисками Подпрограммы осуществляется в рамках единой системы управления рисками Программы, разработанной в соответствии с Порядком разработки, реализации и оценки эффективности государственных программ Российской Федерации, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 2 августа 2010 года N 588.