Для управления, контроля и координации работ по Программе создается Администрация Программы, образуемая администрацией Омской и других областей и дирекцией (Координационным Советом) межрегиональной ассоциации "Сибирское соглашение". Администрация Программы состоит из представительного органа - Координационного Совета и исполнительного органа - дирекции Программы.