Город Череповец находится на берегах водных артерий: реки Ягорбы, реки Шексны и Шекснинского плеса Рыбинского водохранилища, которые входят в систему Волго-Балтийского водного пути, и имеет выход к пяти морям.
Основное назначение водохранилища - энергетика, судоходство, водоснабжение, рыбное хозяйство.
Воды реки Шексны используются для хозяйственно-питьевого и промышленного водоснабжения, рекреации, судоходства и рыболовства. Кроме того, поверхностные воды служат приемниками хозяйственно-бытовых, промышленных и ливневых сточных вод. Вода проходит очистку и обеззараживание на водоочистных станциях (ВОС) N 2 и N 3 общей производительностью 230 тыс. куб. м/сут. (83.95 млн. куб. м/год).
В городе активно используется водный транспорт в период навигации (май - октябрь) благодаря тому, что Шексна является частью Волго-Балтийского канала. Водный транспорт является самым дешевым, наиболее экологически безопасным и наименее энергозатратным видом транспорта. Водные пути в направлении Череповца приемлемы для:
- обеспечения прохождения судов с осадкой до 3.6 м;
- осуществления более 8.5 тыс. рейсов в год (70% грузовых);
- перевозок - 11 млн. тонн груза.
Судопотоки в направлении Череповца измеряются в трех точках:
- створ Торово (участок впадения реки Шексны в Рыбинское водохранилище);
- створ шлюзов 7 - 8 (направление поселок Шексна);
- створ Анненского моста (город Вытегра, направление на Санкт-Петербург).
Объем судопотоков в 2008 - 2009 годах составил 7217 - 10018 рейсов.