Достижение целей и решение задач Программы осуществляются путем скоординированного выполнения взаимоувязанных по срокам, ресурсам и источникам финансового обеспечения мероприятий Программы.
Реализация задач Программы будет осуществляться по следующим направлениям:
восстановление и экологическая реабилитация водных объектов;
защита от негативного воздействия вод и обеспечение безопасности гидротехнических сооружений;
осуществление части переданных полномочий Российской Федерации в области водных отношений (за счет субвенций федерального бюджета).