Целью подпрограммы является стабилизация эпизоотической ситуации, обеспечение ветеринарно-санитарного благополучия Республики Тыва, своевременное проведение комплекса противоэпизоотических мероприятий. Для выполнения этой цели определены следующие основные задачи:
1) организация и проведение противоэпизоотических мероприятий, направленных на предупреждение и ликвидацию (в случаях возникновения) заразных и массовых незаразных болезней животных;
2) охрана территории республики от заносов острых инфекционных заболеваний животных;
3) обеспечение ветеринарной безопасности продукции животного происхождения, кормов, кормовых добавок и лекарственных средств для животных;
4) совершенствование системы эпизоотологического контроля распространения болезни в республике;
5) предупреждение заноса болезней;
6) развитие материально-технической базы государственных ветеринарных учреждений Республики Тыва;
7) повышение качества подготовки и переподготовки ветеринарных врачей и фельдшеров;
8) строительство скотомогильников (биотермических ям) на территории республики.
Вышеуказанные показатели могут быть более высокими и более эффективными, если будут финансироваться в полном объеме мероприятия подпрограммы по обеспечению приобретения горюче-смазочных материалов, командировочных расходов, компенсационных выплат на положительно реагирующих животных, подвергнутых вынужденному убою, повышения квалификации кадров, приобретения спецавтомашин и лабораторного оборудования, строительства биотермических ям для утилизации биологических отходов, мероприятий по установке карантинной полосы, приобретения лабораторных диагностикумов и питательных средств.