Программа предусматривает комплексное развитие всех отраслей и подотраслей, сфер деятельности агропромышленного комплекса. Одновременно выделяются два уровня приоритетов.
К первому уровню приоритетов относятся:
в сфере производства - овощеводство, плодоводство, виноградарство как отрасли, обеспечивающие устойчивость в целом агропромышленного комплекса и в значительной мере экономики республики;
скотоводство (производство молока и мяса) как системообразующая подотрасль, использующая наличие значительных площадей сельскохозяйственных угодий;
в социальной сфере - устойчивое развитие сельских территорий в качестве непременного условия сохранения трудовых ресурсов;
в сфере развития производственного потенциала - мелиорация земель сельскохозяйственного назначения, введение в оборот неиспользуемой пашни и других категорий сельскохозяйственных угодий, повышение энергообеспеченности сельскохозяйственного производства;
в экономической сфере - повышение доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей как условие перехода к инновационной модели развития агропромышленного комплекса;
в институциональной сфере - развитие кооперации, интеграционных связей в агропромышленном комплексе и формирование продуктовых подкомплексов, территориальных кластеров;
в научной и кадровой сферах - обеспечение формирования инновационного агропромышленного комплекса;
создание экспортноориентированной товаропроводящей инфраструктуры.
Ко второму уровню приоритетов относятся:
развитие зернового подкомплекса;
обеспечение животноводства растительным кормовым белком;
обеспечение экологической безопасности сельскохозяйственной продукции и продовольствия;