Финансирование Программы осуществляется за счет средств краевого бюджета, в том числе в рамках реализации отдельных мероприятий государственных программ Краснодарского края, текущего финансирования деятельности исполнительных органов государственной власти Краснодарского края (Программа носит аналитический характер).
В случае успешного отбора заявки Краснодарского края в рамках отбора Министерства финансов Российской Федерации на право получения субсидий в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 31 декабря 2010 года N 1203 "Об утверждении Правил предоставления и распределения субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на реализацию региональных программ повышения эффективности бюджетных расходов" возможно получение субсидии из федерального бюджета.