Материально-техническое обеспечение таможенных органов осуществляется посредством обеспечения вещевым имуществом, продовольствием, печатной продукцией, удостоверениями личности, ведомственными наградами и удостоверениями к ним, средствами таможенной идентификации (личными номерными печатями, комплектами штампов, сменными штемпельными подушками с защищенной мастикой), автотранспортом и специальной автотехникой, морской и авиационной техникой и запасными частями к ней, оружием, патронами к нему, боеприпасами, пиротехническими средствами, средствами индивидуальной бронезащиты, снаряжением и экипировкой, специальными средствами, специальным оборудованием, учебно-тренировочными средствами, расходными материалами для технического обслуживания оружия, устройствами и расходными материалами для пломбирования, сейф-пакетами (см. приказ Федеральной таможенной службы от 19 марта 2012 года N 489 "Об утверждении Положения о Главном управлении тылового обеспечения").
Содержание таможенных органов является расходным обязательством Российской Федерации согласно ст.59 ФЗ "О службе в таможенных органах Российской Федерации".
Основным источником финансирования деятельности таможенных органов является федеральный бюджет. Согласно ст.11 БК РФ расходы федерального бюджета на содержание таможенных органов на соответствующий год устанавливает федеральный закон о федеральном бюджете. Необходимо отметить, что при разработке указанного закона должно учитываться целевое использование выделенных средств таможенными органами в предшествующем году.
В определенных законодательством РФ случаях материально-техническое обеспечение таможенных органов осуществляется на основании договора. В этом случае имущество предоставляется таможенным органам в безвозмездное пользование. Также объекты таможенной инфраструктуры могут передаваться таможенным органам в хозяйственное ведение или оперативное управление в соответствие со ст.294-300 ГК РФ.