Охрана и защита лесов являются важнейшими направлениями, обеспечивающими устойчивое экологическое состояние лесов края и сохранение их ресурсного потенциала, осуществляемыми с учетом особенностей региона. Основными проблемами, с которыми сталкиваются специалисты лесного хозяйства, являются: лесные пожары, вредные организмы, незаконные рубки и загрязнение лесов.
В крае сформирована устойчивая система прогнозирования, предупреждения, обнаружения и ликвидации лесных пожаров. Важным элементом этой системы являются пожарно-химические комплексы, включающие в себя 148 пожарно-химических станций, 33 пункта сосредоточения противопожарного инвентаря, 157 пожарных наблюдательных вышек, 57 из которых оборудованы современными системами видеонаблюдения.
Лесопожарные службы полностью укомплектованы высокоэффективными средствами пожаротушения, активно внедряются современные технологии. Авиационное патрулирование осуществляется с четырех оперативных авиационных точек, расположенных в разных районах края, что гарантирует широкий охват территории.
Большое внимание уделяется своевременному и качественному проведению профилактических противопожарных мероприятий, противопожарному обустройству лесов.
Структуры края, задействованные в ликвидации чрезвычайных ситуаций, связанных с лесными пожарами, работают согласно сводному плану тушения лесных пожаров на территории Алтайского края, ежегодно утверждаемому Губернатором Алтайского края и согласованному с Федеральным агентством лесного хозяйства. В случае возникновения чрезвычайных ситуаций лесное хозяйство края способно вооружить средствами пожаротушения 16 тысяч человек.
Согласно прогнозам при сохранении существующего уровня организации и финансирования охраны лесов количество лесных пожаров и площадь лесов, пройденная ими, на период до 2025 года останутся на прежнем уровне (в среднем около 1 тыс. случаев лесных пожаров на площади около 2 тыс. га (таблица 8)).