Большая часть территории республики (около 65 гр.с/ш) лежит в северной части бассейна Лены. К нему полностью или частично относится территория 22 из 33 административных районов республики. Оставшаяся часть относится к бассейнам других крупных рек, впадающих в моря Северного Ледовитого океана - Анабара, Оленека, Яны, Индигирки, Колымы и др.
Лена служит хозяйственным стержнем республики и вместе со своими главными притоками - Алданом и Вилюем образует основную систему ее водных путей.