4.1. Руководство Министерством осуществляет министр, который назначается на должность и освобождается от должности Главой Республики Крым в соответствии с Конституцией Республики Крым.
Назначение на должность министра осуществляется после согласования кандидатуры с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере общего образования, по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере образования.
4.2. Министр имеет заместителей (в том числе первого), которые назначаются на должность и освобождаются от должности по представлению министра Председателем Совета министров Республики Крым, а в случае если Глава Республики Крым непосредственно возглавляет Совет министров Республики Крым - Главой Республики Крым.
Количество заместителей министра определяется структурой и штатным расписанием Министерства.
4.3. В период временного отсутствия (в том числе в связи с отпуском, болезнью, командировкой и т.д.) министра его обязанности исполняет первый заместитель министра, которому предоставляется право подписывать финансовые и другие распорядительные документы по всем вопросам деятельности Министерства на основании распределения обязанностей между министром и заместителями.
4.4. Министр:
1) руководит деятельностью Министерства и несет персональную ответственность за выполнение поставленных перед Министерством задач и осуществление установленных функций;
2) утверждает в пределах предоставленных полномочий положения о структурных подразделениях Министерства, должностные регламенты государственных гражданских служащих Республики Крым, замещающих должности государственной гражданской службы Республики Крым в Министерстве (кроме первого заместителя, заместителей министра);
3) устанавливает в пределах установленной компетенции квалификационные требования к должностям государственной гражданской службы Республики Крым в Министерстве (кроме первого заместителя, заместителей министра);
4) издает приказы, осуществляет нормативное регулирование в сфере образования и науки Республики Крым в рамках установленной компетенции, заключает государственные контракты, договоры и иные гражданско-правовые документы о сотрудничестве и совместной деятельности с физическими и юридическими лицами;
5) решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством Республики Крым о государственной гражданской службе Республики Крым вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Министерстве;
6) назначает в установленном порядке на должность и освобождает от должности работников Министерства (кроме первого заместителя, заместителей министра);
7) устанавливает полномочия первого заместителя министра, заместителей министра и распределяет обязанности между ними (в том числе в части права подписи документов, исходящих от имени Министерства);
8) представляет Председателю Совета министров Республики Крым, а в случае если Глава Республики Крым непосредственно возглавляет Совет министров Республики Крым - Главе Республики Крым для утверждения в установленном порядке структуру и штатное расписание Министерства;