По постановлению Правительства Москвы N 75 от 1 февраля 2000 года в Служительском флигеле был создан Музей русской усадебной культуры (отдел Государственного учреждения культуры города Москвы "Музейное объединение "Музей истории Москвы"). В 1999 году в усадьбе Кузьминки в Служительском флигеле Музеем истории Москвы была создана первая экспозиция, посвященная истории усадьбы "Кузьминки: из прошлого в настоящее".
В соответствии с принятым постановлением Правительства города Москвы от 26 марта 2002 года N 209-ПП "О проекте планировки территории "Кузьминки-Люблино" и дальнейшем развитии природного и историко-рекреационного комплекса Кузьминки-Люблино" Музей истории Москвы разработал концепцию развития на территории усадьбы Кузьминки Музея русской усадебной культуры "Усадьба князей Голицыных Влахернское-Кузьминки", предполагающую воссоздание и музеефикацию основных объектов, сгруппированных вокруг ядра усадьбы, которой является Господский двор и главная планировочная ось - Влахернская перспектива. Концепция была утверждена Ученым советом музея в 2002 году, прошла согласование с Комитетом по культуре и префектурой ЮВАО.
За 7 лет своего существования Музей стал одним из наиболее ярких и динамично развивающихся городских культурно-просветительных центров.
В настоящее время музейные экспозиции размещены в двух объектах - памятниках архитектуры XIX в. - "Служительский флигель" и "Конный двор".
Экспозиция в Служительском флигеле - "Знакомьтесь, Голицыны!" посвящена истории усадьбы Кузьминки и ее владельцам. С 1999 года в Музее было организовано более 15 выставок, среди которых - крупные международные проекты: "Русские в Хельсинки" (совместно с Музеем города Хельсинки), "Стрелковые мишени" (совместно с Музеем истории Братиславы), "Культурное наследие Молдовы", а также выставки в рамках международных музейных форумов - "Новое общество Санкт-Петербурга и московское дворянство" и др., тематические выставки - "Усадьбы старые таинственной Руси", "Русский праздник", "Масленица" и др. В настоящее время стационарная экспозиция Служительского флигеля дополнена двумя выставками - "Традиции домашнего воспитания в России в XIX - нач. ХХ века" и фотовыставкой к пятилетию Музея. По распоряжению Правительства Москвы от 26 марта 2005 года N 379-РП музею был передан в безвозмездное срочное пользования сроком на 25 лет отреставрированный к 300-летию усадьбы Кузьминки на средства префектуры ЮВАО памятник архитектуры XIX века - Конный двор.
Экспозиция "Конный двор в подмосковной усадьбе" была открыта ко Дню исторического и культурного наследия 18 мая 2005 года и посвящена истории памятника архитектуры. В экспозиции представлены исторические средства передвижения XIX - нач. ХХ века, предметы декоративно-прикладного искусства, предметы народного быта и др. В течение 2005-2006 годов в Конном дворе состоялись многочисленные выставки: "Дачная мода. Московские воспоминания", "Ветер дальних странствий" (А.В.Быкова), "Герои и образы" (М.Ф.Петрова), "Нашу память сохраняя: Усадьба Кузьминки в ХХ веке", "Трудолюбивее пчелы:", "В ожидании чуда. История празднования Нового года и Рождества в России".
В 2006 году готовятся крупные выставочные проекты в Манеже Конного двора - "Усадьба. Мир природы. Мир людей", "Ярмарочная площадь", в Южном флигеле планируется открыть выставку "Мир детства" в Детском музейном центре.
Музеем русской усадебной культуры проводятся обзорные и тематические экскурсии по экспозициям и выставкам.
Впервые в музейной практике были разработаны и проводятся групповые экскурсии по парку на велосипедах, большим успехом пользуются разработанные костюмированные интерактивные экскурсии "Жизнь старого дома", "Святочный вечер", "Рождественский альбом", "Крестьянская масленица", "Голицынские крестьяне". Возрождаются традиции музыкально-литературных салонов, эксклюзивные экскурсионные программы с катанием на лошадях по парку - верхом и в многоместном музейном экипаже на 12 человек.
Музеем проводится большое количество концертных программ. Приобрел известность и популярность у москвичей и гостей города Московский международный фестиваль музыки русских усадеб "Дворянский сезоны", проводимый ежегодно с 2003 года.
Музей особое внимание уделяет работе с социально незащищенными группами населения - центрами социального обслуживания, детьми-инвалидами, детьми из малообеспеченных семей и интернатов. За время своего существования было проведено множество благотворительных экскурсий и программ.
В 2006 году Музей русской усадебной культуры вводит в досуговую жизнь посетителей усадьбы и москвичей Детский музейный центр. Основными направлениями его деятельности станут кружки и лектории, которые познакомят детей с традициями русской усадебной культуры, а также традиционными усадебными занятиями XIX века - садоводством, ремеслами и рукоделием и др.
В 2001 году Музею были переданы для реставрации и размещения экспозиции Восточный и Западный флигель господского дома. За счет средств, собранных на благотворительном бале, данным Мэром Москвы в честь Музея истории Москвы в 2002 году был заказан проект реставрации флигелей, в соответствии с которым начаты противоаварийные и реставрационные работы.
В 2002 году за Музеем была закреплена территория Верхнего сада общей площадью 6 га для разработки концепции Парка исторических развлечений.
С 2002 года Музеем проводятся игровые интерактивные экскурсии для детей, знакомящие с крестьянской игровой культурой XIX века. Дети учатся играть в малечинукалечину, кубарь, накидушку, закидушку, волчок, бирюльки и др.
Сотрудники музея разработали и проводят с 2003 года интерактивные игровые программы "Пикник", включающие знакомство посетителей с традиционными дворянскими и крестьянскими играми, прогулку по парку, чаепитие из самоваров.
В 2004 году Музей русской усадебной культуры реализовал первый этап проекта "Парк исторических развлечений" по основным направлениям деятельности. Музеем было приобретено уникальное игровое оборудование - крокетные наборы, наборы серсо и диаболо, кегли, изготовленные по чертежам XIX века и совместно с Префектурой ЮВАО - 20 велосипедов. Совместно с молодежным объединением "Диво" установлено на Тополевой аллее игровое оборудование "Парка исторических развлечений": большие и малые круговые качели, карусели, разбиты игровые площадки для настольного тенниса, волана, городков, ходулей и других исторических игр.
В настоящее время посетители Музея и гости усадьбы Кузьминки могут обучиться старинным играм, взять напрокат игровое оборудование, совершить велосипедную прогулку по парку, покататься верхом или в музейном экипаже по парку. Ежегодно Музей организует праздничные программы на Масленицу, Влахернский праздник, Рождество, возрождая традиции старинной усадьбы.
Закономерным результатом деятельности музея является ежегодное увеличение посещаемости в 2-3 раза.