В системе органов исполнительной власти управление программой и координация работ по совершенствованию школьного питания в городе возложены на Департамент потребительского рынка и услуг города Москвы во взаимодействии с Департаментом образования города Москвы, Департаментом здравоохранения города Москвы, Департаментом науки и промышленной политики города Москвы, Департаментом продовольственных ресурсов города Москвы, префектурами административных округов и другими органами городского и территориального управлений.
Функции координатора программы предполагается возложить на Департамент потребительского рынка и услуг города Москвы.