Выбор референтных (контрольных) штаммов определяется видом тестируемого микроорганизма. В качестве контрольных тест-штаммов используют типичные штаммы с хорошо изученными фенотипическими характеристиками, включая чувствительность к АБП, отличающиеся генетической стабильностью. К таковым относятся вакцинные штаммы Yersinia pestis EV НИИЭГ, Francisella tularemis 15, Brucella abortus 19BA, Bacillus anthracis СТИ, а также Vibrio cholerae non О1 КM 162 (P 9741), депонированный в качестве референтного антибиотикочувствительного тест-штамма в ГК ПБ РосНИПЧИ "Микроб", типичные штаммы буркхольдерий - Burkholderia mallei NCTC 10230 и Burkholderia pseudomallei CIP 6086. Контрольные штаммы, соответствующие каждому виду возбудителей ООИ, используют на этапах предварительного изучения качества питательных сред, применяемых при определении антибиотикочувствительности, контроля активности дисков с антибиотиками и АБП для их последующего использования в случае эпидемических осложнений (МУ 3.4.1030-01).
Для внутреннего контроля качества определения антибиотикограммы используют также эталонные референс-штаммы Escherichia coli АТСС 25922 (для возбудителей чумы, туляремии, бруцеллеза, холеры); Staphylococcus aureus ATCC 25923 (для возбудителя сибирской язвы); Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 (для возбудителей сапа и мелиоидоза).
Допустимые колебания значений МПК АБП и диаметров зон ингибиции роста всех вышеперечисленных контрольных штаммов на используемых для каждого вида возбудителя питательных средах представлены в таблицах соответствующих разделов документа.
Для сохранения свойств и чистоты контрольные штаммы необходимо хранить в лиофилизированном состоянии. "Рабочие" культуры хранят в пробирках на скошенном агаре или в столбиках агара, оптимального для роста каждого вида микроорганизма, при 2-8 °С с еженедельным пересевом. Исключением является контрольный штамм Vibrio cholerae non О1 КМ 162 (Р-9741), который хранится в 0,3%-м полужидком агаре при 18-20 °С. Перед использованием для контроля качества определения антибиотикограммы референтный штамм двукратно пересевается.