Программу предполагается реализовать в течение 2012-2020 годов в два этапа:
1 этап: решение первоочередных задач и реализация текущих проектов и мероприятий в области обезвреживания бытовых и промышленных отходов в Хабаровском крае, экологического мониторинга атмосферного воздуха, воды, донных отложений, индикаторов экосистемы р. Амур, обеспечения государственного экологического надзора и нормирования, приграничного сотрудничества по вопросам охраны окружающей среды и обеспечения экологической безопасности, развития сети особо охраняемых природных территорий краевого значения и обеспечения их охраны, сохранения редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животных и растений, мест их обитания, экологического просвещение населения - с 2012 по 2015 год;
2 этап: развитие системы обращения с бытовыми и промышленными отходами в Хабаровском крае, краевой системы наблюдения за состоянием окружающей среды, реализация текущих проектов и мероприятий в области охраны окружающей среды и обеспечения экологической безопасности - с 2016 по 2020 год.