Контроль и мониторинг реализации Программы осуществляется финансовым департаментом администрации города. Мероприятия, проводимые в рамках Программы, являются частью действий и функциональных обязанностей органов местного самоуправления городского округа и структурных подразделений администрации города. Для реализации отдельных мероприятий Программы могут привлекаться в рамках муниципальных контрактов сторонние исполнители.
Координацию работ и общее руководство реализацией Программы осуществляет Межведомственная комиссия администрации города Хабаровска по внедрению результатов реформирования системы управления муниципальными финансами под председательством вице-Мэра города Казаченко В.П.
По итогам финансового года вместе с отчетом об исполнении бюджета города составляется отчет о реализации Программы в отчетном финансовом году, который представляется в Хабаровскую городскую думу.