Система управления реализацией Экспериментального проекта включает в себя взаимодействие структурных подразделений министерства образования Хабаровского края, администрации города Хабаровска (управление образования, управление здравоохранения, управление торговли питания и бытового обслуживания) с предприятиями, организующими питание школьников (предоставляют на конкурсной основе услуги по осуществлению питания детей в общеобразовательных учреждениях), лицами, заинтересованными в организации школьного питания города Хабаровска.
Основными элементами управления реализацией экспериментального проекта выступают: МАУ «Центр развития образования», МУ «Дирекция по содержанию основных фондов отрасли «Образование». Их основными функциями на стадии реализации Экспериментального проекта является техническое и организационное сопровождение реализации мероприятий программы.