5.1. Структура Министерства утверждается Губернатором края в соответствии с задачами, возлагаемыми на Министерство.
5.2. Структура Министерства состоит из функциональных управлений, которые самостоятельно выполняют все задачи в соответствии с положениями об управлениях, утверждаемых министром.
Исходя из выполнения функциональных задач управлений, финансирование их деятельности осуществляется или за счет бюджетных средств (краевого или федерального бюджета), или за счет доходов от приватизации, отчислений от арендной платы и других источников, не запрещенных законодательством и настоящим Положением.
5.3. Управление учета и анализа Министерства составляет сметы доходов и расходов, обеспечивает отдельный контроль и учет доходов и расходов по всем источникам финансирования деятельности управлений, ведет все расчетные счета Министерства, осуществляет распределение по категориям получателей доходов от всех видов деятельности.
5.4. При Министерстве распоряжением Губернатора края может быть создана коллегия Министерства, на которой не реже одного раза в квартал рассматриваются наиболее важные вопросы деятельности Министерства. По мере необходимости могут проводиться расширенные заседания коллегии Министерства, на которые могут приглашаться руководители исполнительных органов власти края, правоохранительных органов, федеральных органов исполнительной власти, действующих на территории края, специалисты из аудиторских и консалтинговых фирм и научно-исследовательских институтов.