До начала деятельности необходимо провести обучение членов Рабочей группы по следующим направлениям: система управления качеством в здравоохранении; общие принципы разработки и внедрения федеральных протоколов ведения больных, стандартов медицинской помощи и КЭС, организация и методы экспертной работы при разработке СОП; использование номенклатуры работ и услуг в здравоохранении, Государственного реестра лекарственных средств, Федерального руководства для врачей по использованию лекарственных средств, основы доказательной медицины, клинико-экономического анализа; роль СОП в системе управления качеством медицинской помощи, некоторые вопросы экономического обоснования СОП и т.д. При необходимости проводится дополнительная подготовка членов Рабочей группы по медицинской специальности, соответствующей теме СОП.
В первую очередь проводится обучение лиц с качествами лидеров, способных обучать в последующем членов Рабочих групп по формированию СОП на уровне медицинской организации.