Основу сети государственного мониторинга окружающей среды в крае составляют наблюдательные посты Росгидромета, ведущие наблюдения за состоянием воздуха в крупных городах, вод, почв, радиационного фона. Проведение мониторинга по отдельным компонентам окружающей среды также возложено на территориальные органы федеральных органов исполнительной власти: Агентство лесного хозяйства по Хабаровскому краю (мониторинг лесного фонда), Региональное агентство по недропользованию по ДФО (мониторинг геологической среды), Амурское бассейновое водное управление (мониторинг водных ресурсов), Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Хабаровскому краю и ЕАО (мониторинг объектов животного мира, в том числе рыбы), Управление Федерального агентства объектов недвижимости по Хабаровскому краю (мониторинг земель) и др. Особое место занимает социально-гигиенический мониторинг (мониторинг среды обитания человека и его здоровья), проводимый Управлением Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Хабаровскому краю. Развивается система мониторинга чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера.
Произошедшая в ноябре 2005 г. авария в провинции Цзилинь (КНР), связанная со сбросом в р. Сунгари загрязняющих веществ, высветила проблемы, существующие в системе экологического мониторинга и мониторинга и прогнозирования чрезвычайных ситуаций: устарелость приборно-аналитической базы лабораторий, отсутствие необходимых приборов для определения специфических загрязнителей, малочисленность квалифицированных специалистов, способных на них работать.
Благодаря усилиям Правительства края на краевом уровне создана необходимая лабораторная база. За счет краевого бюджета в 2005 - 2006 годах приобретены современные приборы и оборудование. Создан краевой центр экологического мониторинга и прогнозирования чрезвычайных ситуаций. Разработано и утверждено Положение о краевой системе экологического мониторинга, создан координационной совет по экологическому мониторингу.
Отсутствие утвержденных на федеральном уровне методик определения специфических загрязнителей, многих токсичных веществ в рыбе и других гидробионтах, а также нормативов их количества заставляет в создании краевой системы экологического мониторинга ориентироваться на зарубежный опыт, стандарты ISO и EPA, внедрять научные разработки.
В крае развиваются методы медицинской экологии - биомониторинг, установление связи между здоровьем и окружающей средой, индивидуальное определение содержания вредных веществ в биосредах человека.
Усиление воздействия на население техногенного загрязнения внешней среды различного рода физическими, химическими и биологическими факторами требует изменения традиционных норм допустимых уровней и концентраций.
Совершенствование краевой системы экологического мониторинга до 2010 года планируется в следующих направлениях:
- сертификация краевой эколого-аналитической лаборатории по международным методикам, осуществление трансграничного мониторинга с китайской стороной по международным стандартам в целях отслеживания всех обнаруженных компонентов загрязнения и периодический скрининг-анализ в целях выявления возможных новых загрязнителей;
- преодоление ведомственной разобщенности проводимого мониторинга, максимально возможное интегрирование ведомственных подсистем, модернизация сети лабораторий, методов и средств мониторинга;
- продолжение исследования р. Сунгари в целях установления источников загрязнения, введение постоянно действующих новых пунктов наблюдения в зоне влияния р. Сунгари;
- отход от определения утративших информативность интегральных показателей органических веществ и включение в программы мониторинга приоритетных экотоксикантов, методов биоиндикации (планктона, бентоса и рыбы), анализа биологических матриц человека;
- изучение процессов трансформации загрязняющих веществ в специфичных условиях р. Амура, с учетом синергического взаимодействия токсикантов с тяжелыми металлами и другими веществами, концентрации которых в р. Амуре высоки;
- улучшение оперативности, периодичности и расширение контролируемой зоны мониторинга атмосферного воздуха в городах Хабаровске, Комсомольске-на-Амуре, Амурске, Советская Гавань, поселках Чегдомын, Ванино;
- привлечение методов инструментального контроля при проведении проверок сбросов, выбросов, размещения загрязняющих веществ госинспекторами края по охране природы в целях расчета экономического ущерба окружающей среде, наносимого недобросовестными природопользователями;
- выработка региональных нормативов качества вод, содержащих соответствующие требования и нормы не ниже требований и норм, установленных на федеральном уровне, разработка экологически допустимых уровней предельной нагрузки на экосистемы.