В названиях соборов, храмов и т. п. с прописной буквы пишут первое слово (если это не родовое понятие) и имена собственные:
Исаакиевский собор, мавзолей Галлы Блацидии, Сикстинская капелла, собор Парижской богоматери, Успенский собор во Владимире, храм Василия Блаженного, церковь Покрова на Нерли, церковь Рождества Богородицы, церковь Святой Софии, церковь Спаса Нередицы.
Названия церквей и соборов с элементами Сан, Сект пишутся раздельно с последующей частью названия:
собор Сан Марко, церковь Сан Франциско, церковь Санта Кроче.