Основными экологическими проблемами в крае являются ухудшение состояния вод в Амурском бассейне, загрязнение воздушной среды, значительное загрязнение земель бытовыми и промышленными отходами.
В период 2001 - 2005 гг. велась активная работа по привлечению инвестиций в природоохранную деятельность, по формированию системы сбора и переработки отходов производства и потребления. Для сохранения качества атмосферного воздуха реализуются проекты газификации энергетических объектов. В целях сохранения биоразнообразия проектируются новые охраняемые природные территории. Сформирована и совершенствуется краевая система управления вопросами охраны окружающей среды. Решаются вопросы межрегионального и международного сотрудничества.
В то же время, несмотря на предпринимаемые меры по стабилизации и улучшению состояния окружающей среды, экологическая ситуация остается напряженной.
С экономическим развитием региона, увеличением объемных показателей добычи лесных, минерально-сырьевых ресурсов, промышленного производства, грузооборота возросла нагрузка на природные системы.
Одновременно все более ощутимым в регионе становится влияние КНР, в северных приграничных провинциях которой отмечается интенсивное экономическое развитие и рост народонаселения.
Амур и его притоки - одна из крупнейших речных систем планеты. Водно-болотные угодья амурского бассейна признаны объектом общемировой ценности. Главнейший ресурс Амура - пресная вода. Река несет в океан 346 куб. км воды в год. С каждым годом все острее ощущается проблема загрязнения вод р. Амура, в том числе для населения края, 70 процентов которого использует для питья речную воду. Значительно осложнило экологическую обстановку загрязнение вод р. Амура, произошедшее в результате взрыва установки по производству анилина на заводе Цзилиньской нефтехимической компании в ноябре 2005 г.
По оценкам специалистов со стоком р. Амура в океан выносится более 230 тыс. тонн загрязняющих веществ в год, до 80 процентов их транзитом проходят через территорию края.
В разрезе бассейнов водных объектов наибольшую нагрузку по загрязняющим веществам (фосфор, медь, нитраты, нитриты, органические вещества), поступающим со сточными водами, несёт Амур, на берегах которого расположены крупнейшие промышленные города - Хабаровск, Комсомольск-на-Амуре, Николаевск-на-Амуре, сконцентрировано большинство промышленных предприятий. В целом по краю эффективность работы очистных сооружений предприятий остается недостаточной. Многие очистные сооружения работают в ненормативном режиме, перегружены, особенно сооружения биологической очистки, осуществляющие обработку смеси хозбытовых и промышленных сточных вод, вследствие этого сточные воды сбрасываются в водные объекты недостаточно очищенными.
Остро стоит в крае проблема загрязненности воздуха. Анализируя тенденцию изменения среднего уровня загрязнения воздуха городов края за пятилетний период, можно сделать вывод, что по большинству примесей происходит рост среднегодовых концентраций.
Причиной этого является увеличение общего количества выбросов в атмосферу в связи с ростом производства продукции промышленности, развитием строительства и транспорта. Вследствие этого в атмосфере увеличилось содержание твердых веществ, формальдегида, углеводородов.
Другой основной примесью, значительно ухудшающей экологическую обстановку в городах, являются окислы азота. За последние годы содержание их возросло, что объясняется в основном возросшим парком автотранспорта, одного из главных источников загрязнения. Выбросы от передвижных источников составляют более 60 процентов от общего количества выбросов загрязняющих веществ по краю.
Развитие производства и потребительского рынка вызывает увеличение твердых отходов. Ежегодно образуется около 4,5 млн. тонн отходов, в том числе промышленных - 4 млн. тонн и твердых бытовых отходов - 0,5 млн. тонн. По оценке пригодных к использованию в качестве вторичных ресурсов ежегодно образуется 50 тыс. тонн макулатуры, 6,5 тыс. тонн вторичного текстиля, 15 тыс. тонн полимеров, 6,5 тыс. тонн стеклобоя.
Наибольшее количество отходов образуется в электроэнергетике -28 процентов, при производстве цветных металлов - 25 процентов, в лесопромышленном комплексе - 13 процентов, при производстве черных металлов - 4 процента.
В настоящее время в крае сбором и переработкой вторичных ресурсов и выпуском изделий из вторичного сырья занимается более 30 предприятий всех форм собственности. В среднем в крае ежегодно утилизируется около 36 процентов отходов, в том числе твердых бытовых отходов - 4 - 5 процентов.
Артель старателей "Амгунь" занимается переработкой отходов Правоурмийского оловорудного месторождения. ООО "Экопромсервис" освоило технологию утилизации шламов (отходов металлургического производства) завода "Амурсталь", извлекает и поставляет металлолом на ОАО "Амурметалл". ОАО "Амурметалл" из отходов металлургического производства изготавливает шлаковый щебень, шлаковую муку. ООО "Бриз" создало производство по переработке изношенных автотракторных резиновых покрышек и резинотехнических изделий, вышедших из эксплуатации. В крае прорабатывается возможность производства электрической и тепловой энергии (мини-ТЭЦ) из низкотоварной древесины и древесных отходов.
В то же время объемы переработки и утилизации отходов крайне недостаточны и требуют всемерного развития.
Одной из наиболее острых проблем в крае является отсутствие специализированных полигонов для токсичных отходов, которых накоплено на временных площадках предприятий свыше 3 млн. тонн. Назрела острая необходимость строительства в гг. Хабаровске и Комсомольске-на-Амуре полигонов по утилизации и захоронению токсичных отходов.