5.1. Общая структура Министерства утверждается министром образования Хабаровского края с обязательным согласованием с министром финансов Хабаровского края и начальником главного управления государственной службы и общественных связей Губернатора и Правительства края. В структуру Министерства входят управления общего образования, высшего и среднего профессионального образования, начального профессионального образования, структурные подразделения (отделы, секторы).
5.2. В структуре Министерства выделяется подразделение - управление начального профессионального образования Хабаровского края, наделенное правами юридического лица. Управление начального профессионального образования Хабаровского края действует в рамках утвержденного министром образования края положения об управлении, имеет свои расчетные счета, бланки, круглую печать с изображением Государственного герба Российской Федерации, самостоятельно ведет бухгалтерский учет по подразделению и осуществляет сбор государственной статистической отчетности в области начального профессионального образования.
5.3. Управление начального профессионального образования возглавляет первый заместитель министра образования края - начальник управления, назначаемый министром образования края по согласованию с заместителем Председателя Правительства края по социальным вопросам.
В своей деятельности начальник управления начального профессионального образования подотчетен министру образования края.