Экономический кризис начала 90-х годов еще более усилил различия в развитии отдельных территорий. К 1998 году индекс промышленного производства к уровню 1990 года в целом по краю составил 29,8 процента, по отдельным городам и районам ситуация была еще сложнее. Так, в г. Комсомольске-на-Амуре и г. Амурске с Амурским районом этот показатель составил 19,7 и 19,4 процента соответственно, в г. Хабаровске - 26,1 процента. Изменилась и территориальная структура промышленного производства. Наибольший удельный вес объема промышленного производства приходился на г. Комсомольск-на-Амуре - 52,3 процента, г. Хабаровск - 31.9 процента. Население столкнулось с таким социальным явлением, как безработица. В 1998 году уровень безработицы к экономически активному населению по краю составил 4,5 процента, соотношение самого высокого уровня безработицы (Тугуро-Чумиканский район - 19 %) и самого низкого (г. Хабаровск - 1,7 %) составило 11 раз. Объем промышленного производства в расчете на одного жителя различался в 36 раз. Произошли изменения на потребительском рынке, дифференциация показателя оборота розничной торговли в расчете на душу населения составила 5 раз.
К 2000 году удельный вес г. Хабаровска в краевом объеме промышленного производства снизился до 17.3 процента, в г. Амурске с Амурским районом - до 1,6 процента. При этом по г. Комсомольску-на-Амуре этот показатель увеличился до 64 процентов. Дифференциация районов по показателю среднедушевого объема промышленного производства составила 60 раз (без учета Аяно-Майского района). Наиболее высокое значение этого показателя наблюдалось в г. Комсомольске-на-Амуре - 121,7 тыс. рублей, наиболее низкое в г. Бикине и Бикинском районе - 2,0 тыс. рублей. Некоторое оживление экономики повлекло за собой снижение практически повсеместно уровня безработицы. В 10-ти городах и районах уровень безработицы за 2 года снизился почти в 2 раза, тем не менее уровень дифференциации этого показателя составил 9,8 раза. Самый высокий уровень безработицы наблюдался в районе им. Полины Осипенко - 10,8 процента. Дифференциация по городам и районам показателя оборота розничной торговли на душу населения достигла к 2000 году 8,6 раза. Самый низкий показатель наблюдался в Солнечном районе - 2,2 тыс. рублей на человека, самый высокий в г. Хабаровске - 19,1 тыс., рублей на человека.
В 2003 году по величине среднедушевого производства промышленной продукции муниципальные образования различались в 38 раз (а с учетом Аяно-Майского района - в 466 раз), по величине среднедушевых собственных доходов в местный бюджет - в 27 раз, по уровню бюджетной обеспеченности расходов собственными доходами - в 8 раз, по уровню безработицы - в 10 раз.
В крае целый ряд муниципальных образований, даже если им оставить собранные на их территории налоговые поступления в бюджеты всех уровней, не в состоянии закрыть свои бюджетные потребности. Сегодня это могут сделать только города Хабаровск и Комсомольск-на-Амуре, г. Николаевск-на-Амуре и Николаевский район, Аяно-Майский, Ванинский, Верхнебуреинский районы. В общей сумме доходов бюджета края города Хабаровск и Комсомольск-на-Амуре дают 72,2 процента, четыре вышеназванных района- 12,7 процента. Оставшиеся 15,1 процента налогов собираются на территории 13 муниципальных образований.
Таким образом, за последние 5 лет, несмотря на стабильные темпы роста экономики края в целом, степень дифференциации в уровне социально-экономического развития муниципальных образований увеличилась.
В то же время, несмотря на значительную дифференциацию, в территориальных образованиях имеют место проблемы общего характера с той лишь разницей, что в разных городах и районах они имеют разную степень проявления, К таким, наиболее общим проблемам, относятся:
- нехватка финансовых средств для реализации задач социально-экономической политики;
- недостаточный уровень социального партнерства бизнеса, населения и власти;
- низкая активность бизнеса в сфере развития реального производства, в том числе инновационной направленности, отсутствие экономически эффективных инвестиционных проектов и бизнес-планов;
- недостаточно развитая инфраструктура в большинстве районов края;
- низкая инвестиционная привлекательность большинства территорий;
- неблагоприятная демографическая ситуация;
- недостаток кадров необходимой квалификации;
- высокий износ основных фондов;
- высокая себестоимость электроэнергии на дизельных электростанциях и ограничения электропотребления по времени суток и сезонам года;
- отсутствие стабильного доступа сельского населения к глобальным электронным информационным ресурсам;
- значительный износ объектов инженерной коммунальной инфраструктуры и жилищного фонда населенных пунктов края;
- дефицит водоснабжения в ряде населенных пунктов края;
- высокие тарифы на услуги жилищно-коммунального хозяйства и естественных монополий;
- слабо развитая транспортная сеть в большинстве районов края;
-экологически неблагоприятная ситуация с загрязнением вод бассейна реки Амура;
- лесные пожары.
Правительство края оказывало и оказывает существенное влияние на развитие экономики городов и районов. В период острого кризиса в 90-е годы прошлого столетия краевые органы исполнительной власти принимали меры, позволившие в значительной степени сдерживать темпы падения производства, сохранить многие предприятия и тем самым снизить социальную напряженность в городах и районах края.
Широко применялись методы финансового оздоровления и реструктуризации предприятий и производств в целом ряде отраслей, оказывающих существенное влияние на экономическую ситуацию в муниципалитетах (горнодобывающая, лесная, рыбная промышленность).
Так, в лесной отрасли в результате принятых Правительством края мер по финансовому оздоровлению производств создано более двух десятков устойчиво работающих предприятий (общества с ограниченной ответственностью «Коппинское», «Лидога-Трейдинг», «Де-Кастрилес», «Синдинское» и др.), что позволило в существенной мере повлиять на ситуацию в отрасли, подготовить условия для стабилизации и дальнейшего подъема производства.
В 1995 - 1996 годах принятые Правительством края меры по реструктуризации долгов основного рыбодобывающего предприятия ОАО «Морские ресурсы» с образованием обществ с ограниченной ответственностью «Востокрыбпром» и «Совгаваньрыба» с краевыми пакетами акций, поддержка других рыбодобывающих предприятий оказали позитивное влияние на положение в отрасли. Значительно увеличилось количество выставленных на промысел судов, возобновлен лов минтая в Беринговом море, в целом стабилизировались объемы рыбодобычи.
Проводилась работа по выводу из кризисного состояния ведущих предприятий цветной металлургии - открытых акционерных обществ «Нижнеамурзолото», «Солнечный ГОК» и других, В счет погашения задолженности в бюджет края часть имущества предприятий, обеспечивающего основной комплекс работ, принята в краевую собственность и передана в аренду вновь образованным предприятиям. Это позволило реанимировать и значительно нарастить добычу золота на коренном месторождении Многовершинное, сохранить производство цветных металлов в Солнечном районе.
Подобная работа проводилась на предприятиях черной металлургии, машиностроения, пищевой промышленности.
В период длительных задержек Гохраном России оплаты за поставленный золотодобывающими предприятиями края металл практиковалась такая форма финансовой поддержки, как выпуск специальных «золотых» векселей, что позволяло предприятиям в условиях острого дефицита оборотных средств и высокой стоимости кредитных ресурсов осуществлять своевременную подготовку к добычному сезону.