Прекращение деятельности министерства может осуществляться по решению Губернатора края в форме его ликвидации или реорганизации в соответствии с действующим законодательством.
При реорганизации или ликвидации уволенным работникам гарантируются права, установленные действующим Кодексом Хабаровского края о государственной и муниципальной службе, законодательством о труде Российской Федерации.
Документы по личному составу сдаются на хранение в архивный отдел управления делами администрации г. Хабаровска, а документы постоянного срока хранения - в государственный архив Хабаровского края.