Управление общего образования:
отдел общего образования,
отдел адаптированных образовательных программ и итоговой аттестации.
Административно-ресурсное управление:
отдел организационной работы и защиты информации,
отдел информатизации, развития и безопасности образовательной сети.
Управление непрерывного профессионального образования и науки:
отдел профессионального образования, науки и аттестации педагогических кадров,
отдел непрерывного образования коренных малочисленных народов Севера.
Управление молодежной политики, дополнительного образования детей:
отдел молодежной политики,
отдел воспитания и дополнительного образования детей.
Управление экономики, анализа и прогнозирования:
отдел мониторинга и проектно-аналитической деятельности,
отдел планирования и финансово-экономического мониторинга,
отдел экономики и государственных заданий.
Отдел бюджетного учета, отчетности и финансового контроля.
Отдел правового регулирования и государственного заказа.
Отдел государственной службы и кадров.