Основными проблемами развития туризма в автономном округе являются:
1) работа подавляющего большинства туристских фирм автономного округа по направлениям выездного туризма. По данным за 2007 год в автономном округе насчитывалось 102 туристические компании, в том числе 15 туроператоров, из них только 14 компаний ориентировались на въездной и внутренний туризм;
2) недостаток информации о туристских возможностях автономного округа у российских и иностранных участников туристского рынка (туроператоров, турагентов, потенциальных инвесторов, туристов);
3) слабо развитая инфраструктура продажи туристских продуктов автономного округа на российском и международном рынках;
4) невысокое качество, малая оригинальность, неширокий ассортимент и отсутствие комплексности внутрирегиональных туристских продуктов, предлагаемых туристскими фирмами;
5) транспортная отдаленность автономного округа для основных потенциальных потребителей туристских услуг (высокая стоимость авиабилетов, длительность проезда на поезде и автомобиле из центра России);
6) недостаток инвестиций, направленных на поддержание и развитие туризма, его инфраструктуры, на продвижение туристских возможностей;
7) неравномерность в загрузке номерного фонда коллективных средств размещения как по муниципальным образованиям автономного округа, так и по видам коллективных средств размещения: по данным за 2007 год в автономном округе имеется 148 коллективных средств размещения, в том числе 86 гостиниц, 6 санаторно-курортных организаций и 10 баз отдыха (пансионатов);
8) дефицит коллективных средств размещения, доступных широкому кругу потребителей (коэффициент загрузки составляет более 60 процентов);
9) невысокий уровень туристского обслуживания в автономном округе, что связано с недостаточной квалификацией персонала коллективных средств размещения, туроператоров;
10) недостаточно развитая транспортная инфраструктура автономного округа, не позволяющая в полной мере использовать в туристских целях памятники культурно-исторического наследия, а также уникальные природные объекты;
11) недостаток нормативного правового регулирования отдельных вопросов туристской индустрии, в частности отсутствие регламентации использования особо охраняемых природных территорий и природных объектов в туристских целях, отсутствие нормативных правовых актов по безопасности туризма, организации придорожного обслуживания туристов;
12) нехватка транспортных средств туристского назначения (речных судов, автомобильного транспорта и иных транспортных средств).