Детский этно-оздоровительный центр действует как подразделение отдела по делам малочисленных народов Севера в конкретном регионе.
Районные отделы малочисленных народов Севера совместно с директором Детского этно-оздоровительного центра согласовывают свои программы с Комитетом по делам малочисленных народов Севера Администрации округа.
Контроль за функционированием Детского этно-оздоровительного центра возлагается на Комитет по делам малочисленных народов Севера.