Участок расположен в Кежемском районе и состоит из трех разобщенных частей:
а) западной (Кежемской) части участка, включающей острова Большой со 100-метровой охранной акваторией (зоной) вокруг острова и 1000-метровой в восточной (верхней) части, включая мелководья (травники), Балкан и два островка, Аксеновские острова: Еловый, Курейный, Чирчана, Долгий и 15 мелких островков, а также мелководья и протоки между ними со 100-метровой охранной зоной вокруг крупных островов, острова Большая Иринда, Малая Иринда, Березовый, протоки между ними и остров Тунгусский со 100-метровой охранной зоной в северной части острова Малая Иринда, западной и южной сторон острова Большая Иринда.
Площадь - 4310 гектаров.
Границы - в пределах мелководий вышеназванных островов;
б) центральной (Селенгинской) части участка, включающей острова Селенгинский, Сосновый, Сухой, акватории мелководий между Селенгинским островом и островами Сергушкин, Сосновый, Сухой, а также 2 островка в пределах указанной акватории. Стометровая охранная зона устанавливается вокруг островов Сухой, Селенгинский, Сосновый, на левом берегу в состав заказника входит болото Зыбун со 100-метровой охранной зоной вдоль побережья.
Площадь - 5062 гектаров.
Границы - в пределах мелководий вышеназванных островов и территории болота Зыбун;
в) восточной (Савинской) части участка, включающей острова Она (в пределах Кежемского района), Островок (Привалихин), Сосновик (Савинский), Еловик и полностью вся акватория Ангары в пределах этих островов.
Площадь - 2420 гектаров.
Границы - вся акватория Ангары в пределах вышеназванных островов.