Основными задачами Совета являются:
определение религиозного характера организации на основании представленных учредительных документов;
проверка и оценка достоверности сведений, содержащихся в представленных религиозной организацией материалах, относительно основ ее вероучения и соответствующей ему практики;
подготовка и внесение в установленном порядке предложений по взаимодействию органов государственной власти с религиозными организациями;
подготовка заключений относительно деятельности религиозных организаций, действующих на территории края, по запросам регистрирующих органов субъектов Российской Федерации.