Для реализации основных целей Комиссия обладает следующими полномочиями и решает следующие задачи:
2.1. Организует проверки кредитных организаций с участием налоговых органов, органов налоговой полиции, представителей учреждений Центрального Банка Российской Федерации и органов исполнительной власти по вопросу своевременности исполнения кредитными организациями поручений клиентов и своевременности зачисления поступающих средств на счета клиентов.
2.2. Рассматривает претензии кредитных организаций.
2.3. При выявлении фактов систематического нарушения кредитными организациями действующего законодательства и неисполнения обязанностей по своевременному зачислению средств на счета клиентов вносит представление в Банк Российской Федерации о принятии мер к нарушителям.