Председателем КЧС является первый заместитель Губернатора края.
КЧС и ее подкомиссии осуществляют свою деятельность во взаимодействии с комиссиями (в т.ч. и межведомственными) администрации края, постоянными комиссиями Законодательного Собрания края, региональной коллегией федеральных органов исполнительной власти при представителе Президента Российской Федерации в Красноярском крае, общественными организациями и движениями (миссиями), деятельность которых связана с оказанием помощи при проведении мероприятий по ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
Постоянно действующим органом управления, специально уполномоченным на решение задач в области защиты населения и территорий от чрезвычайных ситуаций краевой территориальной подсистемы РСЧС, является Главное управление по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям при администрации Красноярского края (ГУГОЧС). Начальник ГУГОЧС при администрации Красноярского края является первым заместителем председателя КЧС.
В штатном расписании ГУГОЧС предусматривается должность руководителя сектора - секретаря КЧС, назначаемого приказом начальника ГУГОЧС, по согласованию с первым заместителем Губернатора края - председателем КЧС.