Существующая система управления водными ресурсами находится в процессе совершенствования как на уровне Российской Федерации, так и в крае. Переход территориальных ведомств на рыночные отношения приводит к отказу этих ведомств от содержания лабораторий и сокращению своих подразделений, занимающихся охраной природы. Это во многом связано с причинами, вызывающими низкую эффективность методов экономического управления природопользованием. Не подкреплены организационно и в правовом отношении усилия администраций по созданию местных (муниципальных, районных) органов контроля. Не полностью разграничены функции государственных органов исполнительной власти, расположенных на территории края. Отсутствует правовая основа для создания частных предприятий по ведению текущих наблюдений за составом сбросных вод. Отсутствует целая серия законов, касающихся водопользования, и многих основных водоохранных положений краевого масштаба.
Дальнейшее совершенствование существующей системы управления и контроля на территории края с целью резкого повышения экологической эффективности ее работы предлагается сориентировать по следующим направлениям:
совершенствование административных методов управления водными ресурсами и контроля (лимитирование и лицензирование, договоры на водопользования, экологический аудит и экологическая сертификация и др.);
оптимизация экономического механизма регулирования водопользования, создание условий для развития рынка водных ресурсов, учет и социально - экономическая оценка водных ресурсов, создание фондов восстановления водных ресурсов, субсидии, кредиты, льготы по налогам и др.);
совершенствование информационного обеспечения управления водными ресурсами и контроля: научное сопровождение реализации Программы совершенствование ведения государственного водного кадастра и системы мониторинга водных объектов, создание краевой информационно - аналитической системы на основе ГИС - технологий;
нормативно - правовое обеспечение реализации Программы и регулирование рационального водопользования;
повышение уровня экологического образования и воспитания, развитие системы экологического образования и повышение информированности населения.