Функционально мониторинг загрязнения поверхностных вод по гидробиологическим показателям осуществляет Средне - Сибирское территориальное управление по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, сеть стационарных наблюдений которого в последние годы резко сокращена и объем наблюдений в настоящее время меньше минимально необходимого.
Биологические наблюдения на водных объектах осуществляют также экспедиционным методом институт биофизики СО РАН, Красноярский госуниверситет, институт экологии рыбохозяйственных водоемов и наземных экосистем и др.
Необходимо расширение объемов исследований, в первую очередь, для определения фонового состояния биоценоза на реках, в бассейнах которых намечается промышленное освоение территории. Проведение этих работ следует финансировать за счет инвесторов по разделу изыскательских работ (охрана природы).