Исходя из целей создания Схемы в ее основу положены:
зонально - ландшафтный принцип. Все природно - климатические зоны должны быть представлены в Схеме. При этом, приоритетным является включение в состав ООПТ участков ландшафтов, находящихся под угрозой прямой трансформации. Количество и размеры ООПТ в пределах одной природно - климатической зоны определяются разнообразием и степенью устойчивости к внешним воздействиям слагающих ее экосистем;
принцип многофункциональности. Каждая ООПТ выполняет несколько функций, что повышает ее значимость;
принцип единства и взаимного дополнения, при котором все ООПТ, находящиеся на территории края, независимо от того, в чьем ведении они находятся, образуют единую систему ООПТ, функционирование отдельных элементов которой обеспечивает достижение основных целей;
принцип поэтапного формирования. Схема реализуется поэтапно с учетом возможности финансирования работ по созданию ООПТ и их готовности (изученность, наличие проектной документации). Формирование сети ООПТ начинается с выделения основных ее элементов, которые затем дополняются второстепенными и вспомогательными объектами;
принцип постоянного совершенствования. Схема, особенно на начальных этапах ее реализации, по мере дополнительного изучения природы края, совершенствования законодательства, накопления информации будет получать дальнейшее развитие.